در یک نشست با دبیر شورای عالی حوزه‌های علمیه، حضرت آیت الله مکارم شیرازی یکی از موضوعات مهمی که در حوزه علمیه به اوج خود رسیده است، مورد توجه قرار داد: غلبه نظام دانشگاهی بر نظام سنتی حوزه. این موضوع نه تنها منجر به فراموشی سنت‌ها شده است، بلکه همچنین منجر به انصراف طلاب از روش سنتی و روش‌های حدیثی در مکتب‌ها و حوزه‌های علمیه شده است.
حضرت آیت الله مکارم شیرازی با تأکید بر اهمیت حفظ روش سنتی، اظهار داشت: عده‌ای در حوزه به واسطۀ غرب‌زدگی یا روشن‌فکری‌های کاذب جذب نظام دانشگاهی شده‌اند و حتی ادبیات آن‌ها هم ادبیات دانشگاهی شده است. این در حالی است که حوزه تا به حال موفق بوده است به طلاب خود قطعاً راه ارتباطی با دین را نشان دهد. به توصیف او، حوزه تا آنجا که ممکن است باید روش سنتی خود را حفظ کند و از ویژگی‌های مخصوص آن مثل مباحثه که در تفهیم درس نقش مهمی دارد، استفاده شود.
این مرجع تقلید با اشاره به اینکه بعضی از مراکز، طلّاب فاضل را از حوزه جدا می‌کنند، ابراز کرد: حوزه علمیه با زحمت بسیار، طلاب فاضل و اساتید را پرورش می‌دهد و مراکزی دیگر با حقوق بهتر و با عناوین مختلف آن‌ها را جذب می‌کنند که باید برای این موضوع تدبیری اندیشه شود. در اینست قرار گرفتن علوم محصولی در بخش دیگر باعث رشد برخی از رشته‌های علمی شده است.
حضرت آیت الله مکارم شیرازی وضعیت معیشت طلاب را مناسب ندانست و افزود: باید برای بهبود وضعیت معیشت طلاب فکری کنیم. به گفته وی، استثنائاتی هستند که دانشجویان آن‌ها به اهداف خود رسیده‌اند، ولی با استناد به بعضی از مشکلاتی که وجود دارد، خیر نمی‌پسند که یک طلبه بین کارهای مدنی و علمیه متنفر باشد و همچنین مدنظر است که طلبه‌ای که خارج می‌کند فاقد درجه لیسانس باشد.
دقت داشته باشید که صرفاً یادگیری علوم از ارزش‌هایی چون هنرمندی و پیشرفت‌های انسانی معمولاً ارتقا نمی‌یابد. در صورت همسان شدن علوم عقلی با سایر علوم به نظر نمی‌رسد که نگرش‌های سنتی مثل جهت‌یابی را بتوان به نحوی حفظ کرد. در نهایت باید مد نظر قرار دهیم که اصول کار رسمی باید همچنان حفظ شود.
یکی از نکات این مطالب، درستی جایگاه ابرقدرت‌های غربی و روزافزون بودن اثر آن‌ها است. استخراج عدم عجله در پرداختن به دین، بیان از مشکلات توسعه در پدیده‌های دینی و پدیده‌های علمی است.