امروز هنگامی که به دهه‌های نخست قرن بیستم نگاه می‌کنیم، شاهد تحول‌هایی هستیم که می‌توانستند مجموعه نهادهای دینی را دگرگون و شرایط رویارویی دین با علم را در ایران و جهان شکل‌دهی کنند. این تحولات که در خلال دو دوره پس از جنگ جهانی اول اتفاق افتاد، آن هم در زمانی که بشر تجربه tuyệt بساط سنت‌ها را داشت، تأثیرات فاجعه بار و ماندگار بر نظام‌های دین گردان دخالت داشت. در بازنویسی این موضوعات، نکته مهمی که توجهمان را به خود جلب می‌کند، این است که مردم باید نسبت به پیشنهادات تحول‌گرایانه با نگاهی دقیق و آسیب‌شناسانه نگریست و تجربیات گذشته را درخصوص تأثیر چنین شرایطی روی پایا بودن نهاد دین به ذهن خود بیاورند. در هیچ نقطه از تاریخ، نیروهای فرقه‌گرایانه، به‌جز در مقاطع کوتاه‌مدت، به بهبود وضع موجود واقعی کمک نکرده‌اند. بلکه در وضع موجود، منجر به افول و نابودی متون متعددی شده‌اند.
علاوه بر این، در بسیاری از موارد، افراد با ادعای اصلاحات و مقابله با بدافزاری‌ها، خود از عوامل فاقد اعتبار و سد راه ضرورت، سوء استفاده شدند. تشخیص خطای تجربه‌های گذشته درک توانایی‌ها و نابودی شرایط از طریق استفاده از علم و تربیت می‌تواند یک نقطه مهم در مجموعه‌ای باشد که سیاست‌مداران، علمای دینی و ملت‌ها در دستابی به هم‌پیمانی و تعامل با عالم علمی عجین شده‌اند.
در صورت درک و اجتناب از سردرگمی برخی از علمای دینی و جنبش‌های اولیه، می‌توانستیم از تجربه‌های اوضاع پس از ناپلئونی، اصلاحات اوانس و کلیولند، جنبش‌های ماسونها و حتی سیاه‌پوش‌داران در امپراطوری عثمانی و سرانجام عملکرد دوگانه عین‌الله نوری و روحانیان فاقد روح برخی از جنبش‌های آنها در سده یازدهم و یازدهم هزاره جدید از حمایتی تمام‌جهانی محروم ماندیم.
در همان دوران در مصر نیز شاهد بودیم که پس از حمله و اشغال، الازهر به سه بخش تقسیم شد: این مدل نیز به‌نوعی تجربه‌ای مشابه بود در راستای مهندسی جدید نهاد دین. در کنار این تحولات جریان‌هایی نو در حوزه‌ها شکل گرفتند. شخصیت‌هایی چون شهید مطهری، رهبر معظم انقلاب، آیت‌الله سبحانی و دیگران تلاش کردند با حفظ چارچوب‌های دینی، تعامل عقلانی با علوم جدید برقرار کنند.
این حرکت نقطه آغازی بود برای پایه‌گذاری یک رویکرد عقل‌گرای دینی در مواجهه با دانش معاصر و پس از درگذشت آیت‌الله مصباح یزدی مصطفی ملکیان در اظهارنظری کم‌سابقه، ایشان را تنها فردی دانست که آشنایی واقعی با علوم انسانی داشت. این نظر گرچه ممکن است همراه با اغراق یا ساده‌سازی تلقی شود اما نشان از جایگاه منحصربه‌فرد آیت‌الله مصباح در میان علمای معاصر دارد.
علاوه بر این، برخی شاگردان نهادهایی مانند انجمن حجتیه تحت تأثیر این چالش‌ها مسیرهای متفاوتی پیش گرفتند و مانند سروش به نقد بنیادین نسبت به پیوند دین و دانش پرداختند. در این میان اندیشمندانی نیز بودند که به‌جای تقابل راه گفت‌وگو و نظریه‌پردازی را پیش گرفتند. علامه طباطبایی از جمله این چهره‌ها بود که با نگاهی حکیمانه افق‌های نوینی را در فلسفه اسلامی گشود و تلاش کرد دانش دینی را در مواجهه با پرسش‌های نوین گسترش دهد.
در شرایط کنونی بازنگری در عملکرد نهادهای علمی دینی مانند مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی(ره)، دانشگاه امام صادق و سایر مراکز مشابه به یک ضرورت تبدیل شده است. این مراکز با وجود برکات فراوان از برخی آسیب‌ها نیز مصون نمانده‌اند. به گفته حجت‌الاسلام والمسلمین خسروپناه در پی مطالبه امام خمینی(ره) شورای انقلاب فرهنگی از جامعه مدرسین خواست فردی را برای تحول در حوزه معرفی کند. آیت‌الله امینی، آیت‌الله مصباح را معرفی کرد، هرچند خود وی با تواضع از پذیرش رسمی خودداری نمود.
حجت‌الاسلام نعیمیان در بخشی دیگر از سخنان خود گفت: در دوران بیداری اسلامی رهبر معظم انقلاب اسلامی ایران بر اهمیت صدور الگوی مردم‌سالاری دینی تأکید ویژه‌ای داشتند؛ الگویی که بنابر گزارش‌ها برخی کشورها نیز آن را در قانون‌گذاری خود مدنظر قرار دادند. با این حال، پیگیری مستمر این رویکرد متوقف ماند و تبدیل به جریان پایدار علمی و گفتمانی نشد.
سؤال جدی امروز این است که آیا حوزه علمیه قم توانسته است نظریه‌هایی منسجم، دقیق و قابل عرضه تولید کند که برای جهان اسلام الهام‌بخش باشد؟ و آیا خروجی‌های علمی آن توانسته‌اند مسائل فکری، اجتماعی و دینی جهان اسلام را هدف‌گذاری و پاسخ‌دهی کنند؟